Ассоциация создана в целях координации деятельности своих членов, всестороннего, делового сотрудничества между собой, оказания содействия в расширении возможностей их производственного и социального развития,  защиты  законных прав и интересов членов Ассоциации.

Для достижения уставных целей Ассоциация в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации осуществляет:
- представление законных  интересов, защиту прав своих членов в отношениях с  органами государственной власти, органами местного самоуправления;
- содействие по  повышению эффективности работы организаций портовой инфраструктуры;
- содействие в объединении усилий ее членов для решения отраслевых, межотраслевых и региональных задач по эффективному использованию производственного потенциала организаций морских портов России, совместному решению научно-технических проблем эксплуатации организаций морских портов России, развитию сотрудничества с деловыми партнерами;
- осуществление мер по активизации участия членов Ассоциации в совершенствовании и развитии правовой базы регулирования экономических отношений, по внедрению в отечественную практику международных норм и правил, направленных на достижение экономического и социального прогресса;
- обеспечение координации действий членов Ассоциации в реализации социальных программ, благотворительной деятельности;
- организацию независимой общественной экспертизы проектов законов и других нормативных актов по вопросам регулирования экономических, производственных, социально-трудовых отношений, участие в различных государственных и внегосударственных программах в области  налоговой, ценовой политики, других программах социально-экономического развития и представление заключений заинтересованным организациям и учреждениям, выработку проектов программ и правовых актов для внесения их в установленном порядке на рассмотрение органов власти и управления;
- проведение работы, направленной на развитие сотрудничества с международными организациями, представление интересов членов Ассоциации при разработке межгосударственных норм и правил;
- содействие по  развитию производственных мощностей морских портов; 
- осуществление поиска потенциальных деловых партнеров членов Ассоциации и представление интересов членов Ассоциации в переговорах со сторонними организациями;
- проведение работ по обобщению данных и информированию своих членов о практике применения норм законодательства;
- разработку унифицированных текстов договоров, форм коммерческой документации и других документов, методических материалов, которые могут быть использованы членами Ассоциации в их практической хозяйственной деятельности;
- организацию и проведение конференций, симпозиумов, совещаний, консультаций для широкого обмена информацией, опытом и идеями между членами Ассоциации, а также другими заинтересованными организациями;
- оказание содействия по повышению качества научных и конструкторских разработок, выполняемых научными и проектными институтами, повышение их ответственности за разработки;
- выработка предложений и рекомендаций, проведение согласованных мероприятий по проблемам эксплуатации  портов и другим вопросам, затрагивающим интересы членов Ассоциации;
- обеспечение членов Ассоциации информацией по вопросам своей компетенции;
- обобщение позиции членов Ассоциации по вопросам регулирования экономических отношений и отстаивание ее во взаимоотношениях с органами государственной власти, органами местного самоуправления;
- внесение в установленном порядке предложений о принятии законов и иных нормативных правовых актов, затрагивающих права и законные интересы организаций морских портов России, участие в их разработке;
А также осуществляет любой другой вид деятельности, не запрещенной действующим законодательством и направленной на достижение уставных целей Ассоциации.
Виды деятельности, для осуществления которых необходимо наличие лицензии, ведутся только после получения лицензии в порядке, установленном законодательством РФ. Ассоциация в пределах своей компетентности сотрудничает со всеми заинтересованными предприятиями, общественными и научными организациями, органами законодательной и исполнительной власти, зарубежными и международными организациями и иными юридическими и физическими лицами.